① 上传图像
支持 dm3 / dm4 / emd / tif / png / jpg。上传后会读取像素尺寸 px_nm；若文件没有标定，后续需要手动填写或用图内标尺测量。
② 裁剪 / 旋转
可选步骤。用旋转滑块摆正晶格，再拖框保留分析区域。框体可移动，8 个手柄可缩放，Shift 拖动为正方形。
④ 检测原子柱
检测峰间距(sep_px) ≈ 原子间距的一半（如原子间距约 10px 则填 5）。留空走自动估计——但对有大尺度衬度起伏的图可能估偏，建议手填，或回第③步画轴(跨 5 间距)自动标定。找峰一律在原图（去噪会严重漏检）。
等待检测。
⑤ 审核原子柱点
支持增点、删点、框删、拖点、缩放和平移。新增点可调用 refine_point 自动 snap 到峰位。
⑥ 计算轴向原子间距
截断系数控制近邻搜索半径；画了轴后，沿已画轴向各取相邻原子测间距（轴向间距），并按方向分别统计。
等待计算。
⑦ 结果
参数面板
重算(改这两个会重新构网)
截断越大越能跨缺口连远原子；容差越小键越直、拐越少。